华中农大牵头建成水稻基因索引数据库|今日热议
湖北日报 2023-04-19 10:30:17
(资料图片)
湖北日报讯 （记者韩晓玲、通讯员蒋朝常）近日从华中农业大学获悉，作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室张建伟教授课题组联合国内外多所高校和研究机构，建成了水稻基因索引数据库，为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。
科研人员以代表亚洲栽培稻群体结构的高质量基因组为研究对象，构建并全面分析基因组倒位图谱，建成首个基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。
数据库中包含744233个基因，共有5074605个同源基因对，不同种质间平均有33350个同源基因对，合并去冗余后可以得到119783个同源基因簇，在进一步合并后，提供了112658个同源基因簇（命名为同源基因索引），以此来索引亚洲栽培稻代表性种质的所有基因。
这个数据库为每个水稻基因建立一张“综合图文信息卡片”，实现不同功能和常用数据库之间的快速链接，记录包括同源基因索引、基因通用名、序列、功能、表达以及其他模块或外链数据库等基本信息，并展示该基因转录本结构、可变剪接事件的可交互示意图，以及其同源关系网络图和系统发育树等。
数据库向全球免费开放。用户可以通过感兴趣的基因通用名、基因ID或基因序列等，快速在数据库中检索亚洲栽培稻其他种质中对应的同源基因，以及一些综合性信息。数据库提供了在染色体水平和基因水平对种质间共线性进行分析和可视化的功能，与基因组浏览器和富集分析等常用工具，能为相关研究提供便利。
这就仿佛查阅一本词典，不但能查到某个词，还能查到它的“近义词”，以及演变的来龙去脉。
